O Cetebes foi fundado aos dezessete dias do mês de julho de 1979, na Assembléia da Convenção batista do Estado do Espírito Santo, realizada na cidade de Cachoeiro de Itapemirim, com o nome de Seminário Teológico Batista do Espírito Santo (SETEBES) mantendo-se assim até o ano de 2011 quando, por definição da diretoria Executiva, teve seu nome alterado para Cetebes.

Funcionou até julho de 1984 como um departamento do Instituto Batista de Educação de Vitória (IBEV), quando, então, foi desmembrado assumindo assim a condição de pessoa jurídica com administração própria.

No início, o único curso oferecido pelo CETEBES foi o de Bacharel em Teologia, sendo criados em 1981 e 1984, respectivamente, os de Bacharel em Educação Cristã e Bacharel em Música Sacra.

O Cetebes é uma instituição de ensino teológico, cuja administração baseia-se em princípios Batistas exarados das Escrituras Sagradas, a Palavra do Deus Vivo.

Atualmente, é uma das instituições conveniadas à Convenção Batista do Estado do Espírito Santo, através de convênios e parcerias, e por meio dela, mantém vínculos tanto com a Convenção Batista Brasileira, quanto com as igrejas do estado do Espírito Santo.

Objetiva servir, não somente à região onde está situado, mas através de uma missão diferenciada, prestar um serviço de alcance nacional e mundial através da obra missionárias, sendo por conseguinte fator preponderante na preservação da unidade denominacional, o Cetebes recebe no corpo discente alunos de quaisquer denominações evangélicas, valendo-se do princípio da tolerância e não proselitismo.

Nossa missão é formar líderes comprometidos e contextualizados em um espaço prospectivo de reflexão e produção teológica e eclesiológica.